Mae Enlli yn nodedig fel cyrchfan pererinion ers dyddiau cynnar Cristionogaeth, ond mae arwyddion aneddiadau ar yr ynys sy’n dyddio o gyfnodau cynt.

Daeth yn fan pwysig i’r Eglwys Gristionogol Geltaidd gan ddenu mynaich defodol, a chredir mai Sant Cadfan a ddechreuodd adeiladu’r mynachdy yn y chweched ganrif.

Darlun trwy garedigrwydd Llyfrgell Genedlaethol Cymru

Gwelir adfeilion Abaty Awstinaidd y Santes Fair, a adeiladwyd ar yr ynys yn y drydedd ganrif ar ddeg, hyd y dydd heddiw. Defnyddiwyd y mynachdy hyd gyfnod Diddymu’r Mynachlogydd ym 1537. Wedi hyn gadawyd Enlli i’r môrladron nes sefydlu cymuned o amaethwyr a physgotwyr yng nghanol y ddeunawfed ganrif. Mae’r cyfeiriad adnabyddus at yr ynys fel man claddu ugain mil o saint yn dyddio o ddyddiau cynnar y canol oesoedd, a dywedid bryd hynny bod tair pererindod i Enlli gyfwerth ag un pererindod i Rufain.

Adeiladwyd y rhan fwyaf o’r tai a saif yno heddiw gan y tirfeddiannwr, yr Arglwydd Niwbwrch, yn yr 1870au. Yr eithriad yw Carreg Bach sy’n nodweddiadol, mae’n debyg, o’r tai ar yr ynys cyn yr adeiladu yn y bedwaredd ganrif ar bymtheg. Adeiladwyd capel anghydffurfiol newydd yr un pryd.

Cwblhawyd y goleudy 30 metr – y goleudy talaf yn y DU gyda thwr sgwâr – ym 1821. Ar ddechrau’r ugeinfed ganrif roedd poblogaeth yr ynys oddeutu 100 ond ym 1925 arweiniwyd y rhan fwyaf o’r trigolion i’r tir mawr gan Love Pritchard, Brenin Enlli (rhoddwyd y teitl i arweinwyr y gymuned gan Arglwydd Niwbwrch), i chwilio am ffordd haws o fyw. Yn fuan wedyn cyrhaeddodd trigolion newydd, gan ennill bywoliaeth yn bennaf drwy amaethu a physgota. Agorwyd yr Wylfa Adar ym 1953, a phrynwyd yr ynys gan Ymddiriedolaeth Ynys Enlli ym 1979.