Mae amaethu wedi bod yn nodwedd o’r ynys ers y cyfnodau cynharaf. Credir mai adeiladau at ddefnydd amaethyddol yw rhai o’r gweddillion canoloesol.

Erbyn hyn mae’r Ymddiriedolaeth yn penodi ffermwyr sy’n denantiaid i fod yn gyfrifol am reoli’r ynys. Mae’r Ymddiriedolaeth, y ffermwyr sy’n denantiaid a’r Cyngor Cefn Gwlad yn cydweithio’n agos i sicrhau bod y tir yn cael ei reoli fel ei fod yn cynnal yr amgylchedd hanfodol ar gyfer blodau ac anifeiliaid arbennig Enlli. Mae’r cynnydd yn cael ei fonitro’n ofalus a rhoir ystyriaeth i unrhyw newidiadau – oherwydd diflaniad y cwningod ym 1996 roedd angen mwy o bori i warchod y cynefinoedd. Mae yma ddiadell fagu o ddefaid cymysg yn bennaf a Gwartheg Duon Cymreig, a gall ffermwyr ac eraill sydd yn byw ar yr ynys gadw geifr, hwyaid, gwyddau, tyrcwn a ieir. Mae ceirch, maip a swej – porthiant gaeaf i’r da byw – yn annog chwyn âr ac yn sicrhau cysgod a bwyd i adar sy’n byw yma drwy gydol y flwyddyn ac adar ymfudol. Defnyddir lleiafswm o wrtaith a gadewir tyfiant ar gyrion caeau llydan heb ei dorri.

Mae pysgota yn parhau i fod yn bwysig. Mae’r môr o amgylch yr ynys yn cael ei bysgota’n rheolaidd am gimwch a chranc a werthir ar y tir mawr.

Afal Enlli

Un o’r planhigion sy’n ymddangos fel pe bai’n unigryw i Enlli yw’r goeden afal sy’n tyfu ar ochr Plas Bach. Ym mis Medi 2000, roedd un o’r gwylwyr adar a oedd yn aros yn Cristin yn defnyddio afalau i ddenu adar. Yn dilyn sgwrs rhwng yr adarydd ac ymwelydd arall, Mr Ian Sturrock, gwnaed darganfyddiad cyffrous. Deallodd Mr Sturrock, arbenigwr ar goed ffrwythau, bod yr afalau yn dod o goeden gnotiog a cham ar ochr ddeheuol Plas Bach. Er bod trigolion yr ynys yn cadarnhau bod cenedlaethau o ynyswyr wedi mwynhau’r afalau hyn, nid oedd neb yn gwybod pa fath o afalau oeddynt. Roedd yn eithaf posib mai’r ffrwyth pinc gydag arogl lemwn a blas amheuthun oedd yr unig oroeswyr o berllan a oedd yn cael ei meithrin ar y safle gan fynaich dros 1,000 o flynyddoedd yn ôl.
“ Doeddwn i ddim yn adnabod yr afal, felly mi es i â fo at arbenigwyr ar wahanol afalau Prydain – Brogdale Horticultural Trust yng Nghaint”, meddai Mr Sturrock.
Yno archwiliwyd yr afalau gan Dr Joan Morgan a’i datganiad hi oedd mai dyma afal prinnaf y byd. Fe’i disgrifiodd fel afal gyda streipiau pinc amlwg dros hufen, yn wrymiog a gyda chorun uchel.