Er bod amryw o ymwelwyr â’r ynys yn hanner cyntaf yr ugeinfed ganrif wedi sylwi bod amrywiaeth o weddillion hanesyddol i’w gweld ar yr ynys, ni wnaed astudiaeth hyd yr 1960au.

Bellach mae amryw o adeiladau pridd wedi eu hadnabod, rhai ohonynt yn dyddio’n ôl ddwy neu dair mil o flynyddoedd. Yn eu mysg mae cytiau Gwyddelod crynion a gweddillion adeiladau hirsgwar a leolwyd yn bennaf ar deras bychan cysgodol ar y mynydd neu mewn grwpiau ar Benrhyn Gogor ym mhen gogleddol yr ynys. Credir mai adeiladau amaethyddol sy’n dyddio o’r canol oesoedd yw’r olion hirsgwar.

Yr heneb amlycaf ar yr ynys yw twr yr abaty o’r drydedd ganrif ar ddeg. Yn y capel mae carreg gerfiedig gydag arysgrif sy’n dyddio o’r nawfed ganrif. Cafwyd hyd i sawl safle claddu yng nghyffiniau’r Abaty sy’n egluro i raddau y chwedl bod ugain mil o saint wedi eu claddu ar Enlli, er bod amheuaeth ynglŷn â’r nifer.

Ar ochr y lôn bresennol, gwelir hefyd weddillion hen ffermdai. Archwiliwyd un o’r rhain, Tŷ Newydd, gan Christopher Arnold ym 1995, a chafwyd tystiolaeth bod y tŷ wedi ei adeiladu ar safle amryw o feddi. Cafwyd hyd i ddarn o arian – ceiniog arian yn dyddio yn ôl i’r 1070au – yng ngheg un o’r sgerbydau a ddadorchuddiwyd yn ystod y gwaith cloddio.